Kurikulum berbasis riset dengan total 42 sks yang dapat diselesaikan dalam kurun waktu 6 semester atau 3 tahun. 42 SKS tersebut terdiri dari 10 sks atau 5 mata kuliah (MK) teori yang digunakan untuk mendukung percepatan studi dan 32 SKS yang terdiri dari MK disertasi dan publikasi. Lima MK teori tersebut terdiri dari dua MK wajib (MK filsafat keilmuan dan keislaman serta MK metode penelitian dan statistik) dan tiga MK pilihan yang disesuaikan dengan topik disertasi mahasiswa. Perkuliahan dapat ditempuh melalui online/offline/hybrid. Outline kurikulum Program Studi Farmasi Program Doktor (PSFPD) ditunjukkan pada tabel di bawah ini:

✮ Analisis Farmasi
Mata kuliah ini membahas tentang aspek-aspek yang terkait dengan analisis farmasi, dimulai dari teori mutakhir analisis farmasi dengan penerapan teknologinya, modifikasi hingga pengembangan metode analisis beserta pengolahan data, intrepretasi data, serta penyajian.

✮ Biofarmasetika
Mata kuliah Biofarmasetika tentang berbagai aspek biofarmasetika dalam pengembangan sediaan farmasi, karakterisasi sediaan farmasi dari aspek biofarmasetika (sifat fiskokimia, kelarutan dan aspek fisiologis) serta evaluasi bioavailabilitas dan bioekuivalensi sediaan farmasi baik secara in vitro dan in vivo. Matakuliah ini juga mempersiapkan peserta untuk menyusun sistematic review terkait sediaan aspek biofarmasetika sediaan farmasi.

✮ Bioteknologi Farmasi
Mata kuliah Bioteknologi Farmasi membahas aplikasi biologi molekuler dalam kefarmasian yang mencakup: (1) produksi biofarmasetik (protein terapetik, vaksin, hormon, antibodi) dengan teknik rekayasa genetika pada tanaman dan hewan (biopharming); (2) produksi metabolit sekunder dengan teknik rekayasa genetik dan fermentasi; (3) metode-metode pendukung dalam aplikasi bioteknologi farmasi; (4) identifikasi penyakit berbasis molekuler; (5) rekayasa protein dan biosimilar; dan (6) pengembangan terapi menggunakan produk-produk bioteknologi, antara lain imunoterapi, terapi gen, dan terapi oligonukelotida. Di samping itu, mata kuliah ini juga membahas regulasi dan bioetik dalam bioteknologi.

✮ Farmakoekonomi
Mata kuliah farmakoekonomi terkait dengan evaluasi dan kajian pengobatan ditinjau dari berbagai aspek farmakoekonomi diantaranya, yaitu : analisis biaya, analisis cost minimization, analisis cost effectiveness, analisis keputusan, analisis cost effectiveness, analisis cost benefit, analisis cost utility. Untuk outcome berupa kualitas hidup, dapat menggunakan beberapa instrumen dalam pengukurannya.

✮ Farmakoepidemiologi
Farmakoepidemiologi adalah ilmu yang mempelajari penggunaan dan efek obat pada banyak orang. Farmakoepidemiologi adalah studi tentang interaksi antara obat dan populasi manusia, menyelidiki, dalam kondisi nyata kehidupan, manfaat, risiko dan penggunaan obat.

✮ Farmakologi Eksperimen
Mata kuliah ini bertujuan agar mahasiswa mampu merancang metode penelitian farmakologi dengan metode yang mutahir dan metode penelitian pada level molekuler terkait topik penelitian disertasinya.

✮ Farmakoterapi
Mata kuliah ini penting untuk memahami prinsip dan aplikasi farmakoterapi yang rasional pada pemilihan regimen terapi obat secara umum; pemilihan strategi terapi, sasaran terapi, monitoring terapi dan poin-poin edukasi/konseling pada berbagai penyakit. Pemahaman konten mata kuliah ini
dipertajam dengan studi kasus terpadu.

✮ Farmasi Klinik
Mata kuliah ini mempelajari tentang keterampilan dan teori yang diperlukan untuk meningkatkan profesionalitas farmasis dalam memberikan pelayanan/asuhan kefarmasian di rumah sakit, diantaranya: fungsi dan peran farmasis klinis di rumah sakit, pengembangan pelayanan kefarmasian, prinsip-prinsip pelaksanaan medication history dan medication reconciliation, medication review, pemahaman tentang penggunaan obat pada kondisi khusus. Pemahaman tentang mata kuliah ini diperkaya dengan keterampilan menyusun kajian sistematis tentang pelayanan kefarmasian sesuai dengan topik disertasi yang dipilih.

✮ Farmasi Komunitas
Mata kuliah Farmasi Komunitas memfokuskan untuk meningkatkan kemampuan mahasiswa dalam evaluasi, strategi pengembangan, dan integrasi ilmu pelayanan farmasi di layanan primer, konseling, komunikasi dan pendidikan kepada pasien/ masyarakat, dalam lingkungan apotek/puskesmas serta komunitas. Secara keseluruhan Farmasi Komunitas membahas dan memberikan motivasi kepada mahasiswa untuk melakukan kebaharuan penelitian dalam bidang farmasi komunitas, seperti praktek farmasi secara global, perkembangan teknologi informasi obat, optimalisasi penggunaan obat yang rasional, desain intervensi pelayanan farmasi, membuat rekomendasi kebijakan di bidang farmasi komunitas.

✮ Filsafat Keilmuan dan Keislaman
Filsafat Keilmuan dan Keislaman merupakan mata kuliah wajib bagi mahasiswa program doktor (S3) Farmasi Universitas Muhammadiyah Surakarta. Setelah mengikuti perkuliahan ini mahasiswa diharapkan memiliki kreativitas, nalar kritis dan inovasi dan pemahaman yang komprehensif dalam pengembangan keilmuan prodi dan dikaitkan dengan keislaman dengan mengkaji paradigma keilmuan dan keislaman dalam bidang farmasi. Pembelajaran mengedepankan pendekatan yang berpusat pada mahasiswa, yaitu metode pemecahan kasus (case method) dan pembelajaran berbasis proyek (project based learning).

✮ Isolasi dan Purifikasi Bahan Obat
Mata kuliah ini mempelajari pemilihan metode ekstraksi, fraksinasi, dan kromatografi untuk pemurnian metabolit sekunder bahan alam; pemilihan metode pendekatan isolasi bahan alam baik tertarget kemotaksonomi dan bioassay guided; serta dasar penentuan struktur molekul metabolit sekunder berdasarkan analisis kromatografi, spektroskopi, dan H-C NMR, secara khusus juga dipelajari isolasi bahan alam kelautan. Lebih lanjut dipelajari kontribusi metabolit sekunder dalam penemuan obat dan standardisasi bahan alam.

✮ Kimia Medisinal
Mata kuliah ini akan meningkatkan kompetensi mahasiswa khususnya penguatan dalam bidang kimia medisinal yang meliputi bidang: (1) modifikasi molekul obat sintetik; (2) desain obat melalui pendekatan berbasis struktur dan ligan; (3) sintesis obat terutama yang melibatkan penggunaan enzim dalam reaksi; (4) elusidasi struktur untuk senyawa sintetis dan makromolekul; (5) pengembangan produk bioteknologi (protein farmasetik, vaksin, nukleotida) sebagai obat; serta (6) research interest dan diskusi sesuai topik disertasi mahasiswa.

✮ Manajemen Farmasi
Mata kuliah ini dirancang khusus untuk mempersiapkan mahasiswa doktoral dalam memahami, menganalisis, dan mengembangkan strategi manajemen farmasi yang efektif dalam konteks rumah sakit. Fokus utamanya adalah pada penelitian tingkat lanjut, integrasi sistem, dan inovasi dalam pengelolaan sistem farmasi klinis di rumah sakit. Selain itu, mata kuliah ini mempertimbangkan isu-isu etika, kebijakan, dan ekonomi yang mempengaruhi pengambilan Keputusan terkait dengan penggunaan obat di lingkungan rumah sakit.

✮ Publikasi Ilmiah 1
Mata kuliah ini merupakan rangkaian dari riset dan disertasi, dengan luaran yanitu publikasi 1. Sebagai bentuk luaran disertasi, publikasi 1 ini dapat dipublikasikan dari hasil studi literatur, hasil riset ke prosiding terideks/ jurnal nasional bereputasi/jurnal internasional/jurnal internasional bereputasi.

✮ Publikasi Ilmiah 2
Mata kuliah ini merupakan rangkaian dari riset dan disertasi, dengan luaran yanitu publikasi ilmiah 2. Sebagai bentuk luaran disertasi, publikasi 2 ini wajib dipublikasikan hasil riset ke jurnal internasional berreputasi.

✮ Rancangan dan Teknologi Farmasi
Mata kuliah Rancangan dan Teknologi Farmasi ini memberikan pengetahuan logis terkait optimasi formula mulai dari preformulas dan formulasi. Selain itu memberikan pengetahuan terkait rancangan pengujian dan evaluasi stabilitas produk serta aspek evaluasi sediaan yang dirancang atau dikembangkan.

a. Memiliki sikap tata nilai akademis dan profesional dengan menginternalisasi
nilai-nilai keislaman

b. Memiliki kemampuan dalam pengembangan ilmu kefarmasian serta obat
tradisional melalui pendekatan inter, multi atau transdisipliner

c. Memiliki kemampuan komunikasi, kerja sama interdisipliner yang efektif serta
pembelajar sepanjang hayat

1. Menghasilkan lulusan doktor farmasi yang mengamalkan nilai-nilai islam dan wawasan global.

2. Menjadi program studi yang unggul di bidang kefarmasian melalui penelitian, publikasi, dan kerjasama/networking.